Un certain nombre de projets (organisation de manifestations sportives, urbanisme…), qui concernent directement ou indirectement un site Natura 2000, sont soumis à une Etude d’Incidence (EI). Cela veut dire que le porteur du projet doit lui-même évaluer les effets de son projet sur les milieux et les espèces du site Natura 2000. Ces guides permettent aux porteurs de projet d'estimer si le projet a une incidence et, le cas échéant, préparer dans les meilleures conditions l'Evaluation d'Incidence.